redu-spectra-lookuplisted

# Spectres publics par espèce (Pan-ReDU) ## La distinction qui fonde ce skill Il existe deux façons différentes pour une plante d'être « connue chimiquement », et elles ne sont pas corrélées comme on l'attend : | | Porte A — **décrite** | Porte B — **mesurée** | | --- | --- | --- | | Quoi | un article dit « molécule X dans espèce Y », et quelqu'un l'a saisi en base | quelqu'un a passé un extrait au spectromètre et a déposé les données brutes | | Sources | LOTUS, KNApSAcK, COCONUT | GNPS/MassIVE, MetaboLights, Metabolomics Workbench | | Gardien | la publication et la curation bénévole | l'accès à un laboratoire et la culture de l'open data | **Attention au sens exact de la porte B** : « un signal a été enregistré », **pas** « une molécule a été identifiée ». Personne ne sait ce qu'il y a dans ces spectres. Des espèces existent en porte B sans exister en porte A : leurs données dorment dans des dépôts publics et aucune chimie n'a jamais été publiée pour elles. C'est une ressource gratuite et inexploitée. ## Accès **Dump ReDU** — métadonnées harmonisées de tous les dépôts, avec taxonomie NCBI : ``` GET https://redu.gnps2.org/dump ``` TSV volumineux (~844 Mo). Colonnes utiles : `ATTRIBUTE_DatasetAccession`, `filename`, `NCBITaxonomy` (format `3816|Abrus precatorius`), `MassSpectrometer`, `IonizationSourceAndPolarity`, `ChromatographyAndPhase`. À lire **en flux** en filtrant sur vos espèces cibles. **Cache de fichiers GNPS2** — chemins, tailles, comptages de spectres par