lotus-chemistry-lookuplisted

# Chimie décrite d'un taxon (LOTUS via Wikidata) ## Ce que LOTUS est, et n'est pas LOTUS (Rutz *et al.* 2022, *eLife*, CC0) relie des structures chimiques aux organismes qui les produisent. Il est hébergé dans Wikidata : un composé pointe vers son organisme par la propriété **P703** (« présent dans le taxon »). **LOTUS est une borne inférieure de la littérature, pas la littérature.** Une molécule publiée dans un article non indexé n'y figure pas. *Atropa belladonna* — la belladone, source de l'atropine, dans tous les manuels — peut apparaître sans composé. La formulation défendable est donc toujours : > *absente des corpus chimiques machine-lisibles* et jamais : > ~~jamais étudiée~~ C'est une distinction de fond : ce qui n'est pas dans ces bases est invisible pour tout modèle entraîné dessus, quelle que soit la littérature papier existante. ## Le piège qui a produit un faux résultat publié `P703` relie les composés aux items **espèce**. Compter `P703` directement sur un item **genre** renvoie presque toujours zéro. Une analyse réelle a ainsi conclu que les genres *Buxus*, *Vanilla*, *Eugenia* et *Miconia* n'avaient **aucune chimie décrite** — alors que les alcaloïdes de *Buxus* et la vanilline sont des classiques. Il fallait traverser `P171` (taxon parent) vers les espèces filles. ```sparql # FAUX : renvoie 0 pour presque tout genre SELECT (COUNT(DISTINCT ?c) AS ?n) WHERE { ?g wdt:P225 "Buxus" . OPTIONAL { ?c wdt:P703 ?g . } } # CORRECT : passe par les espèces